一. 本局依據「高雄縣政府衛生局組織規程」規定，設各科分別掌理下列事項：
- 醫政科：醫事機構及醫事人員管理、醫療品質管制、緊急醫療救護、精神衛生、長期照護、山地醫療保健、全民健康保險宣導及其他有關事項。
- 藥政科：藥局、藥商、藥物、化?品管理及其他有關事項。
- 食品衛生科：食品衛生、健康食品管理、國民營養及其他有關事項。
- 保健科：婦幼衛生、癌症防治、中老年疾病防治、職場健康促進、口腔衛生、視力保健、聽力保健、社區健康營造、菸害防制、事故傷害防制、青少年生育保健、外籍配偶生育調節、衛生教育、衛生所業務管理及其他有關事項。
- 疾病管制科：傳染病防治、營業衛生管理、外籍勞工健康管理及其他有關事項。
- 檢驗科：公共衛生檢驗及其他有關事項。
- 企劃科：衛生企劃、研考、為民服務、資訊、法制作業及其他有關事項。
- 總務科：文書、檔案、印信、庶務、出納及其他不屬各科事項。
- 人事科：依法辦理人事管理等事項。
- 會計科：依法辦理歲計、會計，並兼辦統計事項。
- 政風科：依法辦理政風業務。
※編制員額共計八十一人。
二. 本局依法監督所屬高雄縣各鄉鎮市廿七所衛生所、縣立岡山醫院、鳳山醫院（目前二家縣立醫院實施民營化，其中縣立鳳山醫院委託高雄長庚醫院經營；縣立岡山醫院委託彰化秀傳醫院經營。）
三. 另基於預防民眾心理疾病之發生與因應高齡化社會的來臨，以臨時任務編組方式，成立「社區心理衛生中心」及「長期照護示範中心」。
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